В большинстве случаев, стандартный драйвер устройства имеет крайне ограниченные возможности по регулировке параметров сканирования. Используя зачастую скрытые возможности конкретного сканера, VueScan позволяет гибко настроить процесс обработки изображений, включая развитую цветокоррекцию, возможности многопроходного и пакетного сканирования, аппаратную регулировку экспозиции, выбор максимальной глубины цвета и формата сохраняемых файлов. Большой интерес представляет функция сохранения исходных данных сканера в файл (raw file) и последующая обработка этих данных при выключенном устройстве, что избавляет от необходимости повторного сканирования оригиналов и увеличивает ресурс оборудования.

Применение VueScan особенно актуально при работе с прозрачными оригиналами (негативы, слайды), т.к. в программе содержится информация о цветовых характеристиках более 150 типов плёнок. Речь идёт, прежде всего, о маске цветного негатива, которая может сильно отличаться у разных плёнок и производителей. В программе предусмотрен прямой выбор маски из списка распространенных плёнок, а также возможность ручной регулировки цветовых компонентов маскирующего слоя. Пользовательские настройки можно сохранять в специальный файл, что позволяет создать индивидуальные профили для каждого вида работ.